En el año 1989, el entonces primer obispo de la diócesis, S.E.R Mons. Joaquín Piña Betlevell fundaba en el predio de la Parroquia San Miguel de Eldorado, el pre seminario, teniendo como patronos a San Roque González y Compañeros Mártires. Su primer rector, fue el padre Agustín Bergmann, al cual le siguieron distintos sacerdotes diocesanos. Allí, han culminado sus estudios secundarios muchos seminaristas, mientras realizaban el correspondiente discernimiento vocacional. La iniciativa fue continuada por el segundo obispo, S.E.R Mons. Marcelo Raúl Martorell, quien ha acompañado al rector, P. Eduardo González Báez, en la dirección del pre-seminario y ayudando al discernimiento de las vocaciones.

​

En 2018, entonces Obispo Mons. Marcelo Raúl Martorell erigió la Casa de Formación Sacerdotal "San José" en la Parroquia Inmaculada Concepción de María de la localidad de Wanda, para completar la formación teología y pastoral de los seminaristas​, dicho espacio de formación en el 2020 se traslada a la Ciudad de Iguazú en el Santuario Santa María del Iguazu.

En la necesidad de ayudar al candidato a vivir y nutrirse de la vida diocesana, con una participación más intensa que fortalezca su sentir diocesano, en febrero de 2021 se inaugura formalmente el curso de “propedéutico” en la Casa de formación sacerdotal San José.

​

​El pre-seminario ha marcado un perfil sacerdotal, y los sacerdotes que han pasado por ella, han sabido conservar y transmitir lo aprendido allí. En esta misma línea, es que como comunidad diocesana hemos querido continuar con la Casa de Formación Sacerdotal San José, respecto al curso de introductorio, ubicado ahora, en Puerto Iguazú. Esta tradición formativa, se encuentra fuertemente impregnada en la comunidad diocesana.

​

​Finalmente el 12 de diciembre de 2025, el obispo Diocesano erige formalmente el Seminario Mayor San José, que fue inaugurado el pasado 19 de marzo de 2026, bajo el patrocinio del patriarca san José

​

Por ello, confiados en el Amor de Dios creemos que "El Seminario Mayor es necesario para la formación sacerdotal íntegra.  Y esperamos que en él se formen verdaderos pastores de almas, a ejemplo de Nuestro Señor Jesucristo, Maestro, Sacerdote y Pastor" (Cfr. Conc. Vat. II, Decreto Optatam Totius, n. 4).

​

Para que la “anhelada renovación de toda la Iglesia se realice en el  ministerio de los sacerdotes animado por el espíritu de Cristo" (Cfr. Conc. Vat. II, Decreto Optatam Totius, Proemio)